Ağrı şikâyeti ön plandaysa ve kişinin hayat kalitesini olumsuz etkiliyorsa, ameliyat düşünülebilir. Ayrıca ultrasonografi ile yüzde 90 duyarlılıkla doğru tanı konabiliyor. Eğer ultrasonografi sırasında kanser endişesi yaratacak bir görünüm varsa ameliyat düşünülebiliyor. Aksi takdirde her ameliyat, en iyi ellerde uygulansa dahi, sağlıklı yumurtalık dokusuna zarar verici olabileceği için önerilmiyor. Kapalı ameliyat (laparoskopi) ile alınmasının, açık ameliyata göre bazı avantajları var: Çoğu zaman ayakta yapılabiliyor, ameliyat sonrası ağrı daha az oluyor, kesi büyüklüğü 0,5-1 santim olduğu için kozmetik olarak daha iyi sonuç veriyor ve günlük hayata geri dönme süresi daha kısa oluyor. Kapalı ameliyat yöntemiyle çikolata kistlerinin alınmasından sonra bir yıl içinde hastaların yüzde 50’si kendiliğinden hamile kalabiliyor. Eğer kalamazsa, bu durum başarısızlık olarak kabul ediliyor ve hasta tüp bebeğe yönlendiriliyor. Çikolata kisti maalesef tekrarlayabilen bir hastalık. Vakaların yarısında, cerrahi işlemi takiben hastalık tekrarlayabiliyor.